קיומו של המאגר הסודי נחשף בדו"ח התקופתי של הממונה על היישומים הביומטריים במערך הסייבר הלאומי, שנשלח ביוני לשרת הפנים, איילת שקד. לצד המאגר הסודי, הדו"ח חושף שורה של ליקויים משמעותיים בפעילות המאגר הביומטרי ופרויקט תעודות הזהות החכמות – החל מסכסוך ספק מקצועי בין משרד הממונה לרשות הביומטרית שמונע פיקוח על המאגר, ועד העדר תיאום בין הרשויות השונות שמקשה על המאגר להגשים את המטרה שלשמה הוקם: למנוע גניבת זהות באמצעות הרכשה כפולה של תעודת זהות או דרכון.

הבעיה החמורה ביותר היא אולי החשיפה של הדו"ח, שלפיה מבלי להתכוון בכלל יצרה רשות האוכלוסין מאגר ביומטרי נוסף של תמונות פנים, אך כזה שלא חוסה תחת כל המגבלות וההגנות של המאגר הביומטרי הרשמי. איך זה קרה? החוק מתיר לרשות האוכלוסין לשמור במחשביה את תמונות הפנים שמצולמות בעבור המאגר באיכות פחותה לצורך הצגה חזותית. בשנים האחרונות חל שיפור משמעותי באלגוריתמיקה לזיהוי פנים, אשר התקדמה בכמה סדרי גודל בהשוואה ליכולת הטכנולוגית שהייתה קיימת בעת ניסוח החוק, כך ששיעור הדיוק של השוואות 1:1 על גבי תמונות באיכות מופחתת דומה לשיעור הדיוק של תמונות לא מופחתות.

"ב-12 השנים האחרונות הממשלה בנתה מסביבנו חומות של כלא שקוף. מאגר ביומטרי, איכוני שב"כ, מאגר רישיונות הנהיגה, עין הנץ, וכעת גם מאגר רשות האוכלוסין", אמר בתגובה ניר הירשמן, מראשי התנועה לזכויות דיגיטליות. "די למעקבים, די להרס הפרטיות. אם יש מאגר שלא נאסף כחוק, יש למחוק אותו מייד ולהעמיד לדין את האחראים להקמתו. כל מאגר כזה הוא פצצה מלוכלכת פוטנציאלית, שעלולה לדלוף לידי גורמים עוינים מחד, או לשמש את אויבי הדמוקרטיה מאידך".