א. ייצר ספריית מראה ע"י cp -al . לוקח מעט מאוד זמן ומעט מאוד מקום. עליה תוכל להפעיל את ה- patch (תעשה קודם ניסוי קטן בצד כדי לוודא שה- patch שאתה משתמש בו חי טוב עם hardlinks)
ב. kdiff3 ישמח, אם תפעיל אותו על ספריה ולא על קובץ, למצוא עבורך גם באיזה קבצים יש שינוי.
ג. החיים קשים
אבל ברצינות: אם זה משהו שאתה עושה כל יום, תעבור להשתמש במערכת כמו git, bzr, mercurial וכו' שתנהל בשבילך את הכל. אם זה חד פעמי, אז מה אכפת לך להעתיק 100 מגה פעם אחת ?