הייתי מנסה לכתוב את אותו הטקסט מנוקד בתוכנה אחרת (נגיד html ודפדפן) ולהמיר משם ל-pdf ולראות האם זה משתנה. השתמשת בהדפסה ל-pdf או שמרת כ-pdf ישירות מליברה-אופיס?
אני גם חווה את אותה הבעיה עם 4.3.3.2 libreoffice על debian jessie. מה שמעניין הוא שהבעיה אינה קיימת כאשר מייצאים ל-jpeg. זה גורם לי לחשוד ספציפית בספריית pdf ש-libreoffice משתמש בה כמקור לבעיה.