R - תוכנת סטטיסטיקה www.r-project.org
graphviz - יוצרת גרפים טובים ע"פ קובץ טקסט בפורמט מסוים או אינטראקטיבי, בעיקר גרפים במובן הרחב (עצים, תרשימים זרימה וכו').
gnuplot - כנ"ל, אבל יותר בכיוון גרפים מתמטיים רגילים, יותר נוחה מ-graphviz לדעתי.
octave - תוכנת חישובים מתמטיים, דומה ל-MATLAB.