אני מניח שהנפח שתחת /usr/include אינו גדול במיוחד. במחשב שלי (עם לא מעט חבילות פיתוח מותקנות) מדובר על 54MB. אם זה מה שמפריע לך, הסר חבילות שיש להן שם קבצים ושאינן נחוצות.
בנוסף לכלי הניקוי שמגיעים עם ההפצה (?) שלך, יש תוכנה חביבה "agedu" שתראה לך בצורה גרפית על הדפדפן את כל הקבצים והתיקיות במערכת הקבצים או חלק ממנה (לפי בחירתך) שהעלו אבק ואינם בשימוש זמן ממושך.
חבילות שמסתיימות ב־-dev (במערכות דביאן / אובונטו) או -devel (במערכות פדורה ו־suse) הן חבילות שנדרשות כמעט אך ורק לשם בניית חבילות אחרות. אתה יכול להסירן דרך מנהל החבילות.